Schäfer, F. ; Tomar, A. ; Sato, S.* ; Teperino, R. ; Imhof, A.* ; Lahiri, S.*
Enhanced in situ spatial proteomics by effective combination of MALDI imaging and LC-MS/MS.
Mol. Cell. Proteomics 23:100811 (2024)
Wiechmann, S.* ; Saupp, E.* ; Schilling, D. ; Heinzlmeir, S.* ; Schneider, G.* ; Schmid, R.M.* ; Combs, S.E. ; Kuster, B.* ; Dobiasch, S.
Radiosensitization by kinase inhibition revealed by phosphoproteomic analysis of pancreatic cancer cells.
Mol. Cell. Proteomics 19, 1649-1663 (2020)
Ali Khan, A. ; Hansson, J.* ; Weber, P. ; Foehr, S.* ; Krijgsveld, J.* ; Herzig, S. ; Scheideler, M.
Comparative secretome analyses of primary murine white and brown adipocytes reveal novel adipokines.
Mol. Cell. Proteomics 17, 2358-2370 (2018)
Herber, J.* ; Njavro, J.* ; Feederle, R. ; Schepers, U.* ; Müller, U.C.* ; Bräse, S.* ; Müller, S.A.* ; Lichtenthaler, S.F.*
Click chemistry-mediated biotinylation reveals a function for the protease BACE1 in modulating the neuronal surface glycoproteome.
Mol. Cell. Proteomics 17, 1487-1501 (2018)
Stanfill, B.A.* ; Nakayasu, E.S.* ; Bramer, L.M.* ; Thompson, A.M.* ; Ansong, C.K.* ; Clauss, T.R.* ; Gritsenko, M.A.* ; Monroe, M.E.* ; Moore, R.J.* ; Orton, D.J.* ; Piehowski, P.D.* ; Schepmoes, A.A.* ; Smith, R.D.* ; Webb-Robertson, B.M.* ; Metz, T.O.* ; TEDDY Study Group (Ziegler, A.-G. ; Beyerlein, A. ; Hummel, M. ; Hummel, S. ; Knopff, A. ; Roth, R. ; Scholz, M. ; Stock, J. ; Warncke, K. ; Wendel, L. ; Winkler, C.)
Quality control analysis in real-time (QC-ART): A tool for real-time quality control assessment of mass spectrometry-based proteomics data.
Mol. Cell. Proteomics 17, 1824-1836 (2018)
Obermann, J. ; Priglinger, C.S.* ; Merl-Pham, J. ; Geerlof, A. ; Priglinger, S.G.* ; Götz, M. ; Hauck, S.M.
Proteome-wide identification of glycosylation-dependent interactors of Galectin-1 and Galectin-3 on mesenchymal retinal pigment epithelial cells.
Mol. Cell. Proteomics 16, 1528-1546 (2017)
Wierer, M.* ; Prestel, M.* ; Schiller, H. B. ; Yan, G.* ; Schaab, C.* ; Azghandi, S.* ; Werner, J.* ; Kessler, T.* ; Malik, R.* ; Murgia, M.* ; Aherrahrou, Z.* ; Schunkert, H.* ; Dichgans, M.* ; Mann, M.*
Compartment-resolved proteomic analysis of mouse aorta during atherosclerotic plaque formation reveals osteoclast-specific protein expression.
Mol. Cell. Proteomics 17, 321-334 (2017)
Grosche, A.* ; Hauser, A.* ; Lepper, M.F. ; Mayo, R.* ; von Toerne, C. ; Merl-Pham, J. ; Hauck, S.M.
The proteome of native adult Muller glial cells from murine retina.
Mol. Cell. Proteomics 15, 462-480 (2016)
Graessel, A. ; Hauck, S.M. ; von Toerne, C. ; Kloppmann, E.* ; Goldberg, T.* ; Koppensteiner, H. ; Schindler, M. ; Knapp, B. ; Krause, L. ; Dietz, K. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Suttner, K.
A combined omics approach to generate the surface atlas of human naive CD4+ T cells during early TCR activation.
Mol. Cell. Proteomics 14, 2085-2102 (2015)
Schäfer, A. ; Neschen, S. ; Kahle-Stephan, M. ; Sarioglu, H. ; Gaisbauer, T. ; Imhof, A.* ; Adamski, J. ; Hauck, S.M. ; Ueffing, M.
The epoxyeicosatrienoic acid pathway enhances hepatic insulin signaling and is repressed in insulin-resistant mouse liver.
Mol. Cell. Proteomics 14, 2764-2774 (2015)
Hagen, N.* ; Bayer, K. ; Roesch, K.* ; Schindler, M.
The intra viral protein interaction network of hepatitis C virus.
Mol. Cell. Proteomics 13, 1676-1689 (2014)
Kenar, E.* ; Franken, H.* ; Forcisi, S. ; Wörmann, K. ; Häring, H.-U. ; Lehmann, R. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Zell, A.* ; Kohlbacher, O.*
Automated label-free quantification of metabolites from liquid chromatography-mass spectrometry data.
Mol. Cell. Proteomics 13, 348-359 (2014)
Pischedda, F.* ; Szczurkowska, J.* ; Cirnaru, M.D.* ; Giesert, F. ; Vezzoli, E.* ; Ueffing, M. ; Sala, C.* ; Francolini, M.* ; Hauck, S.M. ; Cancedda, L.* ; Piccoli, G.*
A cell surface biotinylation assay to reveal membrane-associated neuronal cues: Negr1 regulates dendritic arborization.
Mol. Cell. Proteomics 13, 733-748 (2014)
Texier, Y. ; Toedt, G.* ; Gorza, M. ; Mans, D.A.* ; van Reeuwijk, J.* ; Horn, N.* ; Willer, J.* ; Katsanis, N.* ; Roepman, R.* ; Gibson, T.J.* ; Ueffing, M. ; Boldt, K.*
Elution profile analysis of SDS-induced subcomplexes by quantitative mass spectrometry.
Mol. Cell. Proteomics 13, 1382-1391 (2014)
von Toerne, C. ; Menzler, J. ; Ly, A. ; Senninger, N. ; Ueffing, M. ; Hauck, S.M.
Identification of a novel neurotrophic factor from primary retinal Müller cells using SILAC.
Mol. Cell. Proteomics 13, 2371-2381 (2014)
Blazek, M.* ; Betz, C.* ; Hall, M.N.* ; Reth, M.* ; Zengerle, R.* ; Meier, M.
Proximity ligation assay for high-content profiling of cell signaling pathways on a microfluidic chip.
Mol. Cell. Proteomics 12, 3898-907 (2013)
Maier, S.K. ; Hahne, H.* ; Moghaddas Gholami, A.* ; Balluff, B. ; Meding, S. ; Schoene, C. ; Walch, A.K. ; Kuster, B.*
Comprehensive identification of proteins from MALDI imaging.
Mol. Cell. Proteomics 12, 2901-2910 (2013)
Vogt, A.* ; Fuerholzner, B.* ; Kinkl, N.* ; Boldt, K.* ; Ueffing, M.
Isotope Coded Protein Labeling Coupled Immunoprecipitation (ICPL-IP): A novel approach for quantitative protein complex analysis from native tissue.
Mol. Cell. Proteomics 12, 1395-1406 (2013)
Frohn, A.* ; Eberl, H.C.* ; Stöhr, J.* ; Glasmacher, E. ; Rüdel, S.* ; Heissmeyer, V. ; Mann, M.* ; Meister, G.*
Dicer-dependent and -independent Argonaute2 protein interaction networks in mammalian cells.
Mol. Cell. Proteomics 11, 1442-1456 (2012)
Lagarrigue, M.* ; Becker, M.* ; Lavigne, R.* ; Deininger, S.O.* ; Walch, A.K. ; Aubry, F.* ; Suckau, D.* ; Pineau, C.*
Revisiting rat spermatogenesis with MALDI imaging at 20- μm resolution.
Mol. Cell. Proteomics 10:M110.005991 (2011)
Meixner, A. ; Boldt, K. ; van Troys, M.* ; Askenazi, M.* ; Gloeckner, C.J. ; Bauer, M. ; Marto, J.A.* ; Ampe, C.* ; Kinkl, N. ; Ueffing, M.
A QUICK screen for Lrrk2 interaction partners - leucine-rich repeat kinase 2 is involved in actin cytoskeleton dynamics.
Mol. Cell. Proteomics 10:M110.001172 (2011)
Wu, Z.* ; Doondeea, J.B.* ; Moghaddas Gholami, A.* ; Janning, M.C.* ; Lemeer, S.* ; Kramer, K.* ; Eccles, S.A.* ; Gollin, S.M.* ; Grenman, R.* ; Walch, A.K. ; Feller, S.M.* ; Kuster, B.*
Quantitative chemical proteomics reveals new potential drug targets in head and neck cancer.
Mol. Cell. Proteomics 10:M111.011635 (2011)
Gloriam, D.E.* ; Orchard, S.* ; Bertinetti, D.* ; Björling, E.* ; Bongcam-Rudloff, E.* ; Borrebaeck, C.A.K.* ; Bourbeillon, J.* ; Bradbury, A.R.M.* ; de Daruvar, A.* ; Dübel, S.* ; Frank, R.* ; Gibson, T.J.* ; Gold, L.* ; Haslam, N.* ; Herberg, F.W.* ; Hiltke, T.* ; Hoheisel, J.D.* ; Kerrien, S.* ; Koegl, M.* ; Konthur, Z.* ; Korn, B.* ; Landegren, U.* ; Montecchi-Palazzi, L.* ; Palcy, S.* ; Rodriguez, H.* ; Schweinsberg, S.* ; Sievert, V.* ; Stoevesandt, O.* ; Taussig, M.J.* ; Ueffing, M. ; Uhlén, M.* ; van der Maarel, S.* ; Wingren, C.* ; Woollard, P.* ; Sherman, D.J.* ; Hermjakob, H.*
A community standard format for the representation of protein affinity reagents.
Mol. Cell. Proteomics 9, 1-10 (2010)
Good, D.M.* ; Zürbig, P.* ; Argilés, A.* ; Bauer, H.W.* ; Behrens, G.* ; Coon, J.J.* ; Dakna, M.* ; Decramer, S.* ; Delles, C.* ; Dominiczak, A.F.* ; Ehrich, J.H.* ; Eitner, F.* ; Fliser, D.* ; Frommberger, M. ; Ganser, A.* ; Girolami, M.A.* ; Golovko, I.* ; Gwinner, W.* ; Haubitz, M.* ; Herget-Rosenthal, S.* ; Jankowski, J.* ; Jahn, H.* ; Jerums, G.* ; Julian, B.A.* ; Kellmann, M.* ; Kliem, V.* ; Kolch, W.* ; Krolewski, A.S.* ; Luppi, M.* ; Massy, Z.* ; Melter, M.* ; Neusüss, C.* ; Novak, J.* ; Peter, K.* ; Rossing, K.* ; Rupprecht, H.* ; Schanstra, J.P.* ; Schiffer, E.* ; Stolzenburg, J.U.* ; Tarnow, L.* ; Theodorescu, D.* ; Thongboonkerd, V.* ; Vanholder, R.* ; Weissinger, E.M.* ; Mischak, H.* ; Schmitt-Kopplin, P.
Naturally occurring human urinary peptides for use in diagnosis of chronic kidney disease.
Mol. Cell. Proteomics 9, 2424-2437 (2010)
Hauck, S.M. ; Dietter, J. ; Kramer, R.L.* ; Hofmaier, F.* ; Zipplies, J.K.* ; Amann, B.* ; Feuchtinger, A. ; Deeg, C.A.* ; Ueffing, M.
Deciphering membrane-associated molecular processes in target tissue of autoimmune uveitis by label-free quantitative mass spectrometry.
Mol. Cell. Proteomics 9, 2292-2305 (2010)
Süss, C.* ; Czupalla, C.* ; Winter, C.* ; Pursche, T.* ; Knoch, K.P.* ; Schroeder, M.* ; Hoflack, B.* ; Solimena, M.*
Rapid changes of mRNA-binding protein levels following glucose and 3-isobutyl-1-methylxanthine stimulation of insulinoma INS-1 cells.
Mol. Cell. Proteomics 8, 393-408 (2009)
Hauck, S.M. ; Gloeckner, C.J. ; Harley, M.E. ; Schoeffmann, S. ; Boldt, K. ; Ekström, P.A.* ; Ueffing, M.
Identification of paracrine neuroprotective candidate proteins by a functional assay-driven proteomics approach.
Mol. Cell. Proteomics 7, 1349-1361 (2008)
Rothbauer, U.* ; Zolghadr, K.* ; Muyldermans, S.* ; Schepers, A. ; Cardoso, M.C.* ; Leonhardt, H.*
A versatile nanotrap for biochemical and functional studies with fluorescent fusion proteins.
Mol. Cell. Proteomics 7, 282-289 (2008)
Sarioglu, H. ; Brandner, S. ; Haberger, M. ; Jacobsen, C. ; Lichtmannegger, J. ; Wormke, M. ; Andrae, U.
Analysis of 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin-induced proteome changes in 5L rat hepatoma cells reveals novel targets of dioxin action including the mitochondrial apoptosis regulator VDAC2.
Mol. Cell. Proteomics 7, 394-410 (2008)
Deeg, C.A.* ; Pompetzki, D.* ; Raith, A.J.* ; Hauck, S.M. ; Amann, B.* ; Suppmann, S. ; Goebel, T.W.* ; Olazabal, U. ; Gerhards, H.* ; Reese, S.* ; Stangassinger, M.* ; Kaspers, B.* ; Ueffing, M.
Identification and functional validation of novel autoantigens in equine uveitis.
Mol. Cell. Proteomics 5, 1462-1470 (2006)
Hauck, S.M. ; Ekström, P.A.R.* ; Ahuja-Jensen, P.* ; Suppmann, S. ; Paquet-Durand, F.* ; van Veen, T.* ; Ueffing, M.
Differential modification of phosducin protein in degenerating rd1 retina is associated with constitutively active Ca2+/calmodulin kinase II in rod outer segments.
Mol. Cell. Proteomics 5, 324-336 (2006)
Zischka, H. ; Braun, R.J. ; Marantidis, E.P. ; Büringer, D.* ; Bornhövd, C.* ; Hauck, S.M. ; Demmer, O. ; Gloeckner, C.J. ; Reichert, A.S.* ; Madeo, F.* ; Ueffing, M.
Differential analysis of Saccharomyces cerevisiae mitochondria by free flow electrophoresis.
Mol. Cell. Proteomics 5, 2185-2200 (2006)