Berezin, O. ; Piovesan, A. ; Graf, R. ; Samara, E.* ; Sigmund, F. ; Westmeyer, G.G.
Multiplexed genetic tags for electron and fluorescence microscopy.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-025-01260-7 (2025)
Blondeel, E.* ; Ernst, S.W.* ; De Vuyst, F.* ; Diosdi, A.* ; Pinheiro, C.* ; Estêvão, D.* ; Rappu, P.* ; Boiy, R.* ; Dedeyne, S.* ; Craciun, L.* ; Goossens, V.* ; Dehairs, J.* ; Cruz, T.* ; Audenaert, D.* ; Ceelen, W.* ; Linnebacher, M.* ; Boterberg, T.* ; Vandesompele, J.* ; Mestdagh, P.* ; Swinnen, J.* ; Heino, J.* ; Horvath, P. ; Oliveira, M.J.* ; Hendrix, A.* ; De Metter, P.* ; De Wever, O.*
Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids.
Nat. Protoc. 20, 2899-2941 (2025)
Blondeel, E.* ; Ernst, S.W.* ; De Vuyst, F.* ; Diosdi, A.* ; Pinheiro, C.* ; Estêvão, D.* ; Rappu, P.* ; Boiy, R.* ; Dedeyne, S.* ; Craciun, L.* ; Goossens, V.* ; Dehairs, J.* ; Cruz, T.* ; Audenaert, D.* ; Ceelen, W.* ; Linnebacher, M.* ; Boterberg, T.* ; Vandesompele, J.* ; Mestdagh, P.* ; Swinnen, J.* ; Heino, J.* ; Horvath, P. ; Oliveira, M.J.* ; Hendrix, A.* ; Demetter, P.* ; De Wever, O.*
Author Correction: Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-025-01223-y (2025)
El Nahhas, O.S.M.* ; van Treeck, M.* ; Wölflein, G.* ; Unger, M.* ; Ligero, M.* ; Lenz, T.* ; Wagner, S. ; Hewitt, K.J.* ; Khader, F.* ; Foersch, S.* ; Truhn, D.* ; Kather, J.N.*
From whole-slide image to biomarker prediction: End-to-end weakly supervised deep learning in computational pathology.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-024-01047-2 (2024)
Müller, A. ; Schmidt, D.* ; Albrecht, J.P.* ; Rieckert, L.* ; Otto, M.* ; Galicia Garcia, L.E. ; Fabig, G.* ; Solimena, M. ; Weigert, M.*
Modular segmentation, spatial analysis and visualization of volume electron microscopy datasets.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/s41596-024-00957-5 (2024)
Cai, R. ; Kolabas, Z.I. ; Pan, C. ; Mai, H. ; Zhao, S. ; Kaltenecker, D. ; Voigt, F.F.* ; Molbay, M. ; Ohn, T.-L. ; Vincke, C.* ; Todorov, M.I. ; Helmchen, F.* ; Van Ginderachter, J.A.* ; Ertürk, A.
Whole-mouse clearing and imaging at the cellular level with vDISCO.
Nat. Protoc. 18, 1197-1242 (2023)
Collins, A.* ; Møller, P.* ; Gajski, G.* ; Vodenková, S.* ; Abdulwahed, A.* ; Anderson, D.* ; Bankoglu, E.E.* ; Bonassi, S.* ; Boutet-Robinet, E.* ; Brunborg, G.* ; Chao, C.* ; Cooke, M.S.* ; Costa, C.* ; Costa, S.* ; Dhawan, A.* ; de Lapuente, J.* ; Bo', C.D.* ; Dubus, J.* ; Dusinska, M.* ; Duthie, S.J.* ; Yamani, N.E.* ; Engelward, B.* ; Gaivão, I.* ; Giovannelli, L.* ; Godschalk, R.* ; Guilherme, S.* ; Gutzkow, K.B.* ; Habas, K.* ; Hernandez, A.* ; Herrero, O.* ; Isidori, M.* ; Jha, A.N.* ; Knasmüller, S.* ; Kooter, I.M.* ; Koppen, G.* ; Kruszewski, M.* ; Ladeira, C.* ; Laffon, B.* ; Larramendy, M.* ; Hégarat, L.L.* ; Lewies, A.* ; Lewinska, A.* ; Liwszyc, G.E.* ; de Cerain, A.L.* ; Manjanatha, M.* ; Marcos, R.* ; Milić, M.* ; de Andrade, V.M.* ; Moretti, M.* ; Muruzabal, D.* ; Novak, M.* ; Oliveira, R.* ; Olsen, A.K.* ; Owiti, N.* ; Pacheco, M.* ; Pandey, A.K.* ; Pfuhler, S.* ; Pourrut, B.* ; Reisinger, K.* ; Rojas, E.* ; Rundén-Pran, E.* ; Sanz-Serrano, J.* ; Shaposhnikov, S.* ; Sipinen, V.* ; Smeets, K.* ; Stopper, H.* ; Teixeira, J.P.* ; Valdiglesias, V.* ; Valverde, M.* ; van Acker, F.* ; van Schooten, F.J.* ; Vasquez, M.* ; Wentzel, J.F.* ; Wnuk, M.* ; Wouters, A.* ; Žegura, B.* ; Zikmund, T. ; Langie, S.A.S.* ; Azqueta, A.*
Measuring DNA modifications with the comet assay: A compendium of protocols.
Nat. Protoc. 18, 929-989 (2023)
Fischer, A. ; Correa-Gallegos, D. ; Wannemacher, J. ; Christ, S. ; Machens, H.G.* ; Rinkevich, Y.
In vivo fluorescent labeling and tracking of extracellular matrix.
Nat. Protoc. 18, 2876-2890 (2023)
Müller, P.* ; de la Cuesta-Zuluaga, J.* ; Kuhn, M.* ; Baghai Arassi, M.* ; Treis, T. ; Blasche, S.* ; Zimmermann, M.* ; Bork, P.* ; Patil, K.R.* ; Typas, A.* ; Garcia-Santamarina, S.* ; Maier, L.A.*
High-throughput anaerobic screening for identifying compounds acting against gut bacteria in monocultures or communities.
Nat. Protoc., 38 (2023)
Prudente de Mello, N. ; Fecher, C.* ; Pastor, A.M.* ; Perocchi, F. ; Misgeld, T.*
Ex vivo immunocapture and functional characterization of cell-type-specific mitochondria using MitoTag mice.
Nat. Protoc. 18, 2181-2220 (2023)
Mai, H. ; Rong, Z. ; Zhao, S. ; Cai, R. ; Steinke, H.* ; Bechmann, I.* ; Ertürk, A.
Scalable tissue labeling and clearing of intact human organs.
Nat. Protoc. 17, 2188-2215 (2022)
Brix, N.* ; Samaga, D. ; Belka, C. ; Zitzelsberger, H. ; Lauber, K.
Analysis of clonogenic growth in vitro.
Nat. Protoc. 16, 4963-4991 (2021)
Weisheit, I.* ; Kroeger, J.A.* ; Malik, R.* ; Wefers, B. ; Lichtner, P. ; Wurst, W. ; Dichgans, M.* ; Paquet, D.*
Simple and reliable detection of CRISPR-induced on-target effects by qgPCR and SNP genotyping.
Nat. Protoc. 16, 1714-1739 (2021)
Yépez, V.A.* ; Mertes, C.* ; Müller, M.F.* ; Wachutka, L.* ; Frésard, L.* ; Gusic, M. ; Scheller, I.F.* ; Goldberg, P.F.* ; Prokisch, H. ; Gagneur, J.
Detection of aberrant gene expression events in RNA sequencing data.
Nat. Protoc. 16, 1276–1296 (2021)
Hagn, F. ; Nasr, M.L.* ; Wagner, G.*
Assembly of phospholipid nanodiscs of controlled size for structural studies of membrane proteins by NMR.
Nat. Protoc. 13, 79-98 (2018)
Barbosa, J.S. ; di Giaimo, R.* ; Götz, M. ; Ninkovic, J.
Single-cell in vivo imaging of adult neural stem cells in the zebrafish telencephalon.
Nat. Protoc. 11, 1360-1370 (2016)
Ly, A. ; Buck, A. ; Balluff, B.* ; Sun, N. ; Gorzolka, K. ; Feuchtinger, A. ; Janssen, K.P.* ; Kuppen, P.J.* ; van de Velde, C.J.* ; Weirich, G.* ; Erlmeier, F.* ; Langer, R.* ; Aubele, M. ; Zitzelsberger, H. ; McDonnell, L.A.* ; Aichler, M. ; Walch, A.K.
High-mass-resolution MALDI mass spectrometry imaging of metabolites from formalin-fixed paraffin-embedded tissue.
Nat. Protoc. 11, 1428-1443 (2016)
Marciniak, A.* ; Cohrs, C.M.* ; Tsata, V.* ; Chouinard, J.A.* ; Selck, C.* ; Stertmann, J.* ; Reichelt, S.* ; Rose, T.* ; Ehehalt, F.* ; Weitz, J.S.* ; Solimena, M.* ; Slak Rupnik, M.* ; Speier, S.*
Using pancreas tissue slices for in situ studies of islet of Langerhans and acinar cell biology.
Nat. Protoc. 9, 2809-2822 (2014)
Winkler, T.W.* ; Day, F.R.* ; Croteau-Chonka, D.C.* ; Wood, A.R.* ; Locke, A.E.* ; Mägi, R.* ; Ferreira, T.* ; Fall, T.* ; Graff, M.* ; Justice, A.E.* ; Luan, J.* ; Gustafsson, S.* ; Randall, J.C.* ; Vedantam, S.* ; Workalemahu, T.* ; Kilpeläinen, T.O.* ; Scherag, A.* ; Esko, T.* ; Kutalik, Z.* ; Heid, I.M. ; Loos, R.J.* ; GIANT Consortium (Albrecht, E. ; Müller-Nurasyid, M. ; Grallert, H. ; Peters, A. ; Thorand, B. ; Gieger, C. ; Illig, T. ; Wichmann, H.-E.)
Quality control and conduct of genome-wide association meta-analyses.
Nat. Protoc. 9, 1192-1212 (2014)
Desbordes, S.C. ; Studer, L.*
Adapting human pluripotent stem cells to high-throughput and high-content screening.
Nat. Protoc. 8, 111-130 (2013)
Wefers, B. ; Panda, S. ; Ortiz, O. ; Brandl, C. ; Hensler, S. ; Hansen, J. ; Wurst, W. ; Kühn, R.
Generation of targeted mouse mutants by embryo microinjection of TALEN mRNA.
Nat. Protoc. 8, 2355-2379 (2013)
Ertürk, A. ; Becker, K.* ; Jährling, N.* ; Mauch, C.P.* ; Hojer, C.D.* ; Egen, J.G.* ; Hellal, F.* ; Bradke, F.* ; Sheng, M.* ; Dodt, H.U.*
Three-dimensional imaging of solvent-cleared organs using 3DISCO.
Nat. Protoc. 7, 1983-1995 (2012)
Fischer, J. ; Beckervordersandforth, R. ; Tripathi, P. ; Steiner-Mezzadri, A. ; Ninkovic, J. ; Götz, M.
Prospective isolation of adult neural stem cells from the mouse subependymal zone.
Nat. Protoc. 6, 1981-1989 (2011)
Heinrich, C.* ; Gascón, S. ; Masserdotti, G.* ; Lepier, A.* ; Sánchez, R.* ; Simon-Ebert, T.* ; Schroeder, T. ; Götz, M. ; Berninger, B.
Generation of subtype-specific neurons from postnatal astroglia of the mouse cerebral cortex.
Nat. Protoc. 6, 214-228 (2011)
Ortega, F.* ; Costa, M.R.* ; Simon-Ebert, T.* ; Schroeder, T. ; Götz, M. ; Berninger, B.
Using an adherent cell culture of the mouse subependymal zone to study the behavior of adult neural stem cells on a single-cell level.
Nat. Protoc. 6, 1847-1859 (2011)
Razansky, D. ; Bühler, A. ; Ntziachristos, V.
Volumetric real-time multispectral optoacoustic tomography of biomarkers.
Nat. Protoc. 6, 1121-1129 (2011)
Haller, F. ; Prehn, C. ; Adamski, J.
Quantification of steroids in human and mouse plasma using online solid phase extraction coupled to liquid chromatography tandem mass spectrometry.
Nat. Protoc., DOI: 10.1038/nprot.2010.22 (2010)
Speier, S.* ; Nyqvist, D.* ; Köhler, M.* ; Caicedo, A.* ; Leibiger, I.B.* ; Berggren, P.O.*
Noninvasive high-resolution in vivo imaging of cell biology in the anterior chamber of the mouse eye.
Nat. Protoc. 3, 1278-1286 (2008)
Neufeld, J.D.* ; Vohra, J.* ; Dumont, M.G.* ; Lüders, T. ; Manefield, M.* ; Friedrich, M.W.* ; Murrell, J.C.*
DNA stable-isotope probing.
Nat. Protoc. 2, 860-866 (2007)
Ninov, N.* ; Martín-Blanco, E.*
Live imaging of epidermal morphogenesis during the development of the adult abdominal epidermis of Drosophila.
Nat. Protoc. 2, 3074-3080 (2007)
Whiteley, A.S.* ; Thomson, B.* ; Lüders, T. ; Manefield, M.*
RNA stable-isotope probing.
Nat. Protoc. 2, 838-844 (2007)
Brumbaugh, J.* ; Schleifenbaum, A.* ; Stier, G.* ; Sattler, M.* ; Schultz, C.*
Single- and dual-parameter FRET kinase probes based on pleckstrin.
Nat. Protoc. 1, 1044-1055 (2006)
Kretschmer, K.* ; Heng, T.S.* ; von Boehmer, H.*
De novo production of antigen-specific suppressor cells in vivo.
Nat. Protoc. 1, 653-661 (2006)