Lewinski, M.* ; Steffen, A.* ; Kachariya, N. ; Elgner, M.* ; Schmäl, C.* ; Messini, N. ; Köster, T.* ; Reichel, M.* ; Sattler, M. ; Zarnack, K.* ; Staiger, D.*
Arabidopsis thaliana GLYCINE RICH RNA-BINDING PROTEIN 7 interaction with its iCLIP target LHCB1.1 correlates with changes in RNA stability and circadian oscillation.
Plant J. 118, 203-224 (2024)
Darwish, E.* ; Ghosh, R.* ; Bentzer, J.* ; Tsardakas Renhuldt, N.* ; Proux-Wera, E.* ; Kamal, N. ; Spannagl, M. ; Hause, B.* ; Sirijovski, N.* ; Van Aken, O.*
The dynamics of touch-responsive gene expression in cereals.
Plant J. 116, 282-302 (2023)
Avni, R.* ; Lux, T. ; Minz-Dub, A.* ; Millet, E.* ; Sela, H.* ; Distelfeld, A.* ; Deek, J.* ; Yu, G.* ; Steuernagel, B.* ; Pozniak, C.* ; Ens, J.* ; Gundlach, H. ; Mayer, K.F.X. ; Himmelbach, A.* ; Stein, N.* ; Mascher, M.* ; Spannagl, M. ; Wulff, B.B.H.* ; Sharon, A.*
Genome sequences of three Aegilops species of the section Sitopsis reveal phylogenetic relationships and provide resources for wheat improvement.
Plant J. 110, 179-192 (2022)
Füßl, M.* ; König, A.-C. ; Eirich, J.* ; Hartl, M.* ; Kleinknecht, L.* ; Bohne, A.V.* ; Harzen, A.* ; Kramer, K.* ; Leister, D.* ; Nickelsen, J.* ; Finkemeier, I.*
Dynamic light- and acetate-dependent regulation of the proteome and lysine acetylome of Chlamydomonas.
Plant J. 109, 261-277 (2022)
Lehnert, H.* ; Berner, T.* ; Lang, D. ; Beier, S.* ; Stein, N.* ; Himmelbach, A.* ; Kilian, B.* ; Keilwagen, J.*
Insights into breeding history, hotspot regions of selection and untapped allelic diversity for bread wheat breeding.
Plant J. 112, 897-918 (2022)
Rosenkranz, M. ; Chen, Y. ; Zhu, P. ; Vlot, A.C.
Volatile terpenes - mediators of plant-to-plant communication.
Plant J. 108, 617-631 (2021)
Kalde, M.* ; Elliott, L.* ; Ravikumar, R.* ; Rybak, K.* ; Altmann, M. ; Klaeger, S.* ; Wiese, C.* ; Abele, M.* ; Al, B.* ; Kalbfuß, N.* ; Qi, X.* ; Steiner, A.* ; Meng, C.* ; Zheng, H.* ; Kuster, B.* ; Falter-Braun, P. ; Ludwig, C.* ; Moore, I.* ; Assaad, F.F.*
Interactions between Transport Protein Particle (TRAPP) complexes and Rab GTPases in Arabidopsis.
Plant J. 100, 279-297 (2019)
Bolger, A.M.* ; Poorter, H.* ; Dumschott, K.* ; Bolger, M.E.* ; Arend, D.* ; Osorio, S.* ; Gundlach, H. ; Mayer, K.F.X. ; Lange, M.* ; Scholz, U.* ; Usadel, B.*
Computational aspects underlying genome to phenome analysis in plants.
Plant J. 97, 182-198 (2018)
Perroud, P.F.* ; Haas, F.B.* ; Hiss, M.* ; Ullrich, K.K.* ; Alboresi, A.* ; Amirebrahimi, M.* ; Barry, K.* ; Bassi, R.* ; Bonhomme, S.* ; Chen, H.* ; Coates, J.* ; Fujita, T.* ; Guyon-Debast, A.* ; Lang, D. ; Lin, J.* ; Lipzen, A.* ; Nogué, F.* ; Oliver, M.J.* ; Ponce de León, I.* ; Quatrano, R.S.* ; Rameau, C.* ; Reiss, B.* ; Reski, R.* ; Ricca, M.* ; Saidi, Y.* ; Sun, N.* ; Szövényi, P.* ; Sreedasyam, A.* ; Grimwood, J.* ; Stacey, G.* ; Schmutz, J.* ; Rensing, S.A.*
The Physcomitrella patens gene atlas project: Large-scale RNA-seq based expression data.
Plant J. 95, 168-182 (2018)
Lang, D. ; Ullrich, K.K.* ; Murat, F.* ; Fuchs, J.* ; Jenkins, J.* ; Haas, F.B.* ; Piednoël, M.* ; Gundlach, H. ; Van Bel, M.* ; Meyberg, R.* ; Vives, C.* ; Morata, J.* ; Symeonidi, A.* ; Hiss, M.* ; Muchero, W.* ; Kamisugi, Y.* ; Saleh, O.* ; Blanc, G.* ; Decker, E.L.* ; van Gessel, N.* ; Grimwood, J.* ; Hayes, R.D.* ; Graham, S.W.* ; Gunter, L.E.* ; McDaniel, S.* ; Hoernstein, S.N.W.* ; Larsson, A.* ; Li, F.W.* ; Perroud, P.F.* ; Phillips, J.A.* ; Ranjan, P.* ; Rokshar, D.S.* ; Rothfels, C.J.* ; Schneider, L.* ; Shu, S.Q.* ; Stevenson, D.W.* ; Thümmler, F.* ; Tillich, M.* ; Villarreal A, J.C.* ; Widiez, T.* ; Wong, G.K.* ; Wymore, A.* ; Zhang, Y.* ; Zimmer, A.D.* ; Quatrano, R.S.* ; Mayer, K.F.X. ; Goodstein, D.* ; Casacuberta, J.M.* ; Vandepoele, K.* ; Reski, R.* ; Cuming, A.C.* ; Tuskan, J.* ; Maumus, F.* ; Salse, J.* ; Schmutz, J.* ; Rensing, S.A.*
The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution.
Plant J. 93, 515-533 (2017)
Prade, V.M. ; Gundlach, H. ; Twardziok, S.O. ; Chapman, B.* ; Tan, C.S.* ; Langridge, P.* ; Schulman, A.H.* ; Stein, N.* ; Waugh, R.* ; Zhang, G.* ; Platzer, M.* ; Li, C.* ; Spannagl, M. ; Mayer, K.F.X.
The pseudogenes of barley.
Plant J. 93, 502-514 (2017)
Bauer, E.* ; Schmutzer, T.* ; Barilar, I.* ; Mascher, M.* ; Gundlach, H. ; Martis, M.M. ; Twardziok, S.O. ; Hackauf, B.* ; Gordillo, A.* ; Wilde, P.* ; Schmidt, M.* ; Korzun, V.* ; Mayer, K.F.X. ; Schmid, K.* ; Schön, C.C.* ; Scholz, U.*
Towards a whole-genome sequence for rye (Secale cereale L.).
Plant J. 89, 853-869 (2016)
Byrne, S.L.* ; Pfeifer, M.* ; Nagy, I.* ; Armstead, I.* ; Swain, S.* ; Studer, B.* ; Mayer, K.F.X. ; Campbell, J.D.* ; Czaban, A.* ; Hentrup, S.* ; Panitz, F.* ; Bendixen, C.* ; Hedegaard, J.* ; Caccamo, M.* ; Asp, T.*
A synteny-based draft genome sequence of the forage grass Lolium perenne.
Plant J. 84, 816-826 (2015)
Tohge, T.* ; Zhang, Y.* ; Peterek, S.* ; Matros, A.* ; Rallapalli, G.* ; Tandrón, Y.A.* ; Butelli, E.* ; Kallam, K.* ; Hertkorn, N. ; Mock, H.P.* ; Martin, C.* ; Fernie, A.R.*
Ectopic expression of snapdragon transcription factors facilitates the identification of genes encoding enzymes of anthocyanin decoration in tomato.
Plant J. 83, 686-704 (2015)
Gläser, K.* ; Kanawati, B. ; Kubo, T.* ; Schmitt-Kopplin, P. ; Grill, E.*
Exploring the Arabidopsis sulfur metabolome.
Plant J. 77, 31-45 (2014)
Poursarebani, N.* ; Nussbaumer, T. ; Šimková, H.* ; Safar, J.* ; Witsenboer, H.* ; van Oeveren, J.* ; International Wheat Genome Sequencing Consortium (Schnurbusch, T.) ; Dolezel, J.* ; Mayer, K.F.X. ; Stein, N.*
Whole Genome Profiling (WGP™) and shotgun sequencing delivers an anchored, gene-decorated, physical map assembly of bread wheat chromosome 6A.
Plant J. 79, 334-347 (2014)
Bolle, C.* ; Huep, G.* ; Kleinbolting, N.* ; Haberer, G. ; Mayer, K.F.X. ; Leister, D.* ; Weisshaar, B.*
GABI-DUPLO: A collection of double mutants to overcome genetic redundancy in Arabidopsis thaliana.
Plant J. 75, 157-171 (2013)
Mascher, M.* ; Richmond, T.A.* ; Gerhardt, D.J.* ; Himmelbach, A.* ; Clissold, L.* ; Sampath, D.* ; Ayling, S.* ; Steuernagel, B.* ; Pfeifer, M. ; D'Ascenzo, M.* ; Akhunov, E.D.* ; Hedley, P.E.* ; Gonzales, A.M.* ; Morrell, P.L.* ; Kilian, B.* ; Blattner, F.R.* ; Scholz, U.* ; Mayer, K.F.X. ; Flavell, A.J.* ; Muehlbauer, G.J.* ; Waugh, R.* ; Jeddeloh, J.A.* ; Stein, N.*
Barley whole exome capture: A tool for genomic research in the genus Hordeum and beyond.
Plant J. 76, 494-505 (2013)
Mascher, M.* ; Muehlbauer, G.J.* ; Rokhsar, D.S.* ; Chapman, J.* ; Schmutz, J.* ; Barry, K.* ; Muñoz-Amatriaín, M.* ; Close, T.J.* ; Wise, R.P.* ; Schulman, A.H.* ; Himmelbach, A.* ; Mayer, K.F.X. ; Scholz, U.* ; Poland, J.A.* ; Stein, N.* ; Waugh, R.*
Anchoring and ordering NGS contig assemblies by population sequencing (POPSEQ).
Plant J. 76, 718-727 (2013)
Hernandez, P.* ; Martis, M.M. ; Dorado, G.* ; Pfeifer, M. ; Gálvez, S.* ; Schaaf, S. ; Jouve, N.* ; Šimková, H.* ; Valárik, M.* ; Dolezel, J.* ; Mayer, K.F.X.
Next generation sequencing and syntenic integration of flow-sorted arms of wheat chromosome 4A exposes the chromosome structure and gene content.
Plant J. 69, 377-386 (2012)
González Besteiro, M.A.* ; Bartel, S.* ; Albert, A. ; Ulm, R.*
Arabidopsis MAP kinase phosphatase 1 and its target MAP kinases 3 and 6 antagonistically determine UV-B stress tolerance, independent of the UVR8 photoreceptor pathway.
Plant J. 68, 727-737 (2011)
Schallau, A.* ; Arzenton, F.* ; Johnston, A.J.* ; Hähnel, U.* ; Koszegi, D.* ; Blattner, F.R.* ; Altschmied, L.* ; Haberer, G. ; Barcaccia, G.* ; Bäumlein, H.*
Identification and genetic analysis of the APOSPORY locus in Hypericum perforatum L.
Plant J. 62, 773-784 (2010)
Moes, D.* ; Himmelbach, A.* ; Korte, A.* ; Haberer, G. ; Grill, E.*
Nuclear localization of the mutant protein phosphatase abi1 is required for insensitivity towards ABA responses in Arabidopsis.
Plant J. 54, 806-819 (2008)
Vandenabeele, S.* ; Vanderauwera, S.* ; Vuylsteke, M.* ; Rombauts, S.* ; Langebartels, C. ; Seidlitz, H.K. ; Zabeau, M.* ; van Montagu, M.* ; Inzé, D.* ; van Breusegem, F.*
Catalase deficiency drastically affects gene expression induced by high light in Arabidopsis thaliana.
Plant J. 39, 45-58 (2004)
Zhang, H.* ; Screenivasulu, N.* ; Weschke, W.* ; Stein, N.* ; Rudd, S. ; Radchuk, V.* ; Potokina, E.* ; Scholz, U.* ; Schweizer, P.* ; Zierold, U.* ; Langridge, P.*
Large-scale analysis of the barley transcriptome based on expressed sequence tags.
Plant J. 40, 276-290 (2004)
Dat, J.F.* ; Pellinen, R.* ; Beeckman, T.* ; van de Cotte, B.* ; Langebartels, C. ; Kangasjärvi, J.* ; Inzé, D.* ; van Breusegem, F.*
Changes in hydrogen peroxide homeostasis trigger an active cell death process in tobacco.
Plant J. 33, 621-632 (2003)
Foissner, I.* ; Wendehenne, D.* ; Langebartels, C. ; Durner, J.
In vivo imaging of an elicitor-induced nitric oxide burst in tobacco.
Plant J. 23, 817-824 (2000)
Tuomainen J.* ; Betz, C.* ; Kangasjärvi, J.* ; Ernst, D. ; Langebartels, C. ; Sandermann, H.
Ozone induction of ethylene emission in tomato plants: Regulation by differential accumulation of transcripts for the biosynthetic enzymes.
Plant J. 12, 1151-1162 (1997)
Rastogi, R.* ; Back, E. ; Schneiderbauer, A. ; Bowsher, C.G.* ; Moffatt, B.A.* ; Rothstein, S.J.*
A 330 bp region of the spinach nitrite reductase gene promoter directs nitrate-inducible tissue-specific expression in transgenic tobacco.
Plant J. 4, 317-326 (1993)
Siefert, F. ; Langebartels, C. ; Boller, T. ; Grossmann, K.
Are Ethylene and 1-Aminocyclopropane-1-Carboxylic Acid Involved in the Induction of Chitinase and ß-1,3-Glucanase Activity in Sunflower Cell Suspension Cultures?.
Plant J. 192, 431-440 (1993)