Rauer, L. ; De Tomassi, A.* ; Müller, C.L. ; Hülpüsch, C.* ; Traidl-Hoffmann, C. ; Reiger, M. ; Neumann, A.U.
De-biasing microbiome sequencing data: Bacterial morphology-based correction of extraction bias and correlates of chimera formation.
Microbiome 13:38 (2025)
Alahmad, A.* ; Harir, M. ; Fochesato, S.* ; Tulumello, J.* ; Walker, A. ; Barakat, M.* ; Ndour, P.M.S.* ; Schmitt-Kopplin, P. ; Cournac, L.* ; Laplaze, L.* ; Heulin, T.* ; Achouak, W.*
Unraveling the interplay between root exudates, microbiota, and rhizosheath formation in pearl millet.
Microbiome 12:1 (2024)
Amar, Y.* ; Rogner, D.* ; Silva, R.* ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I.* ; Steimle-Grauer, S.A.* ; Niedermeier, S.* ; Kublik, S. ; Jargosch, M.* ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D.* ; Schloter, M. ; Eyerich, K.* ; Biedermann, T.* ; Köberle, M.*
Darier's disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour.
Microbiome 11:162 (2023)
Amar, Y.* ; Rogner, D.* ; Silva, R.* ; Fösel, B. ; Ud-Dean, M. ; Lagkouvardos, I.* ; Steimle‑Grauer, S.A.* ; Niedermeier, S.* ; Kublik, S. ; Jargosch, M.* ; Heinig, M. ; Thomas, J. ; Eyerich, S. ; Wikström, J.D.* ; Schloter, M. ; Eyerich, K.* ; Biedermann, T.* ; Köberle, M.*
Correction: Darier’s disease exhibits a unique cutaneous microbial dysbiosis associated with inflammation and body malodour (Microbiome, (2023), 11, 1, (162), 10.1186/s40168-023-01587-x).
Microbiome 11:206 (2023)
Münzker, J.* ; Haase, N.* ; Till, A.* ; Sucher, R.* ; Haange, S.B.* ; Nemetschke, L.* ; Gnad, T.* ; Jäger, E.* ; Chen, J.* ; Riede, S.J.* ; Chakaroun, R.* ; Massier, L.* ; Kovacs, P.* ; Ost, M.* ; Rolle-Kampczyk, U.* ; Jehmlich, N.* ; Weiner, J.* ; Heiker, J.T. ; Klöting, N. ; Seeger, G.* ; Morawski, M.* ; Keitel, V.* ; Pfeifer, A.* ; von Bergen, M.* ; Heeren, J.* ; Krügel, U.* ; Fenske, W.K.*
Functional changes of the gastric bypass microbiota reactivate thermogenic adipose tissue and systemic glucose control via intestinal FXR-TGR5 crosstalk in diet-induced obesity.
Microbiome 10:96 (2022)
Sbierski-Kind, J.* ; Grenkowitz, S.* ; Schlickeiser, S.* ; Sandforth, A. ; Friedrich, M.* ; Kunkel, D.* ; Glauben, R.* ; Brachs, S.* ; Mai, K.* ; Thürmer, A.* ; Radonić, A.* ; Drechsel, O.* ; Turnbaugh, P.J.* ; Bisanz, J.E.* ; Volk, H.D.* ; Spranger, J.* ; Jumpertz von Schwartzenberg, R.
Effects of caloric restriction on the gut microbiome are linked with immune senescence.
Microbiome 10:57 (2022)
Sinha, A.* ; Li, Y.* ; Mirzaei, M.K. ; Shamash, M.* ; Samadfam, R.* ; King, I.L.* ; Maurice, C.F.*
Transplantation of bacteriophages from ulcerative colitis patients shifts the gut bacteriome and exacerbates the severity of DSS colitis.
Microbiome 10:105 (2022)
Amar, Y. ; Lagkouvardos, I.* ; Silva, R.L. ; Ishola, O.A. ; Fösel, B. ; Kublik, S. ; Schöler, A. ; Niedermeier, S.* ; Bleuel, R. ; Zink, A. ; Neuhaus, K.* ; Schloter, M. ; Biedermann, T. ; Köberle, M.*
Pre-digest of unprotected DNA by Benzonase improves the representation of living skin bacteria and efficiently depletes host DNA.
Microbiome 9:123 (2021)
Breuninger, T. ; Wawro, N. ; Breuninger, J.* ; Reitmeier, S.* ; Clavel, T.* ; Six-Merker, J. ; Pestoni, G.* ; Rohrmann, S.* ; Rathmann, W.* ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Meisinger, C. ; Haller, D.* ; Linseisen, J.
Associations between habitual diet, metabolic disease, and the gut microbiota using latent Dirichlet allocation.
Microbiome 9:61 (2021)
Hwang, Y.* ; Schulze-Makuch, D.* ; Arens, F.L.* ; Saenz Medina, J.S. ; Adam, P.S.* ; Sager, C.* ; Bornemann, T.L.V.* ; Zhao, W.* ; Zhang, Y.* ; Airo, A.* ; Schloter, M. ; Probst, A.J.*
Leave no stone unturned: Individually adapted xerotolerant Thaumarchaeota sheltered below the boulders of the Atacama Desert hyperarid core.
Microbiome 9:234 (2021)
Berg, G.* ; Rybakova, D.* ; Fischer, D. ; Cernava, T.* ; Vergès, M.C.C.* ; Charles, T.* ; Chen, X.* ; Cocolin, L.* ; Eversole, K.* ; Corral, G.H.* ; Kazou, M.* ; Kinkel, L.* ; Lange, L.* ; Lima, N.* ; Loy, A.* ; Macklin, J.A.* ; Maguin, E.* ; Mauchline, T.* ; McClure, R.* ; Mitter, B.* ; Ryan, M.* ; Sarand, I.* ; Smidt, H.* ; Schelkle, B.* ; Roume, H.* ; Kiran, G.S.* ; Selvin, J.* ; Souza, R.S.C.d.* ; van Overbeek, L.* ; Singh, B.K.* ; Wagner, M.* ; Walsh, A.* ; Sessitsch, A.* ; Schloter, M.
Microbiome definition re-visited: Old concepts and new challenges.
Microbiome 8:103 (2020)
Berg, G.* ; Rybakova, D.* ; Fischer, D. ; Cernava, T.* ; Vergès, M.C.C.* ; Charles, T.* ; Chen, X.* ; Cocolin, L.* ; Eversole, K.* ; Corral, G.H.* ; Kazou, M.* ; Kinkel, L.* ; Lange, L.* ; Lima, N.* ; Loy, A.* ; Macklin, J.A.* ; Maguin, E.* ; Mauchline, T.* ; McClure, R.* ; Mitter, B.* ; Ryan, M.* ; Sarand, I.* ; Smidt, H.* ; Schelkle, B.* ; Roume, H.* ; Kiran, G.S.* ; Selvin, J.* ; de Souza, R.S.C.* ; van Overbeek, L.* ; Singh, B.K.* ; Wagner, M.* ; Walsh, A.* ; Sessitsch, A.* ; Schloter, M.
Microbiome definition re-visited: Old concepts and new challenges (vol 8, 103, 2020).
Microbiome 8:119 (2020)
Saenz Medina, J.S. ; Marques, T.V.* ; Barone, R.S.C.* ; Cyrino, J.E.P.* ; Kublik, S. ; Nesme, J. ; Schloter, M. ; Rath, S.* ; Vestergaard, G.
Oral administration of antibiotics increased the potential mobility of bacterial resistance genes in the gut of the fish Piaractus mesopotamicus.
Microbiome 7:24 (2019)
Michas, A. ; Vestergaard, G. ; Trautwein, K.* ; Avramidis, P.* ; Hatzinikolaou, D.G.* ; Vorgias, C.E.* ; Wilkes, H.* ; Rabus, R.* ; Schloter, M. ; Schöler, A.
More than 2500 years of oil exposure shape sediment microbiomes with the potential for syntrophic degradation of hydrocarbons linked to methanogenesis.
Microbiome 5, 118:118 (2017)
Michas, A. ; Vestergaard, G. ; Trautwein, K.* ; Hatzinikolaou, D.G.* ; Vorgias, C.E.* ; Wilkes, H.* ; Rabus, R.* ; Schloter, M. ; Schöler, A.
Erratum: Correction to: More than 2500 years of oil exposure shape sediment microbiomes with the potential for syntrophic degradation of hydrocarbons linked to methanogenesis (Microbiome (2017) 5 1 (118)).
Microbiome 5:136 (2017)
Endesfelder, D. ; Engel, M. ; Davis-Richardson, A.G.* ; Ardissone, A.N.* ; Achenbach, P. ; Hummel, S. ; Winkler, C. ; Atkinson, M.* ; Schatz, D.* ; Triplett, E.W.* ; Ziegler, A.-G. ; zu Castell, W.
Towards a functional hypothesis relating anti-islet cell autoimmunity to the dietary impact on microbial communities and butyrate production.
Microbiome 4:17 (2016)