TY  - JOUR
AB  - Gewebeproben werden seit Jahrzehnten weltweit routinemäßig zur histopathologischen Charakterisierung verwendet, um erkranktes von gesundem Gewebe zu unterscheiden. Während Nukleinsäure-basierte Analysen formalinfixierter und paraffineingebetteter (FFPE-) Gewebeproben schon länger erfolgreich angewendet werden, stehen Untersuchungen auf Proteinebene erst am Anfang (abgesehen von der Immunhistochemie). Es zeichnet sich jedoch ab, dass viele Proteinuntersuchungsmethoden, die an frischen oder gefrorenen Gewebeproben eingesetzt werden, auch an FFPE-Proben angewendet werden können. Hierzu gehören z. B. Western-blot, Protein-Mikroarray, bildgebende Massenspektrometrie (MALDI Imaging) und 2-D-Gelelektrophorese. Diese Ergebnisse sind überraschend, da die Wissenschaftsgemeinde lange der Überzeugung war, dass FFPE-Proben für Proteinanalysen - außer Immunhistochemie - nicht geeignet sind. In diesem Übersichtsbeitrag berichten wir über neueste Entwicklungen auf diesem Gebiet und gehen dabei besonders auf quantitative Proteinbestimmungen und Hochdurchsatztechniken ein, die in Zukunft in den Routineablauf zur Proteinbiomarkerbestimmung integriert werden können.
AU  - Becker, K.-F.*
AU  - Berg, D.*
AU  - Malinowsky, K.*
AU  - Wolff, C.*
AU  - Ergin, B.*
AU  - Meding, S.*
AU  - Walch, A.K.
AU  - Höfler, H.
C1  - 2252
C2  - 27716
CY  - Berlin [u.a.]
SP  - 263-267
TI  - Neues zur Proteinanalytik archivierter Gewebeproben.
JO  - Pathologe
VL  - 31
IS  - SUPPL. 2
PB  - Springer
PY  - 2010
SN  - 0172-8113
ER  - 

TY  - JOUR
AB  - Hintergrund: Das Ziel dieser Studie ist es, Methoden zur relativen und absoluten Proteinquantifizierung in formalinfixierten und paraffineingebetteten (FFPE-) Brustkrebsgewebeproben zu entwickeln und zu optimieren, mit besonderem Schwerpunkt auf HER2-vermittelte Signaltransduktion. Material und Methoden: Mit Hilfe einer kürzlich entwickelten Methode zur Extraktion vollständiger Proteine aus FFPE-Gewebeproben testeten wir die Spezifität von mehr als 50 kommerziell erhältlichen Antikörpern im Western-blot und Protein-Mikroarray. Aufgereinigte HER-Rezeptor-Proteine wurden verwendet, um absolute Proteinkonzentrationen in FFPE-Gewebeextrakten zu bestimmen. Ergebnisse: 23 kommerziell erhältliche phosphospezifische und nichtphosphospezifische Antikörper zeigten eine hohe Spezifität. Eine präzise Messung der HER2-Konzentration war möglich, indem die Signale bekannter Mengen an aufgereinigtem HER-Protein mit denen von HER-positiven Gewebeproben verglichen wurden. Schlussfolgerung: Unsere Ergebnisse dienen als Grundlage für die Entwicklung von diagnostischen Methoden für die quantitative Analyse von deregulierten HER-Rezeptoren und nachgeschalteter Signalwegsproteine in FFPE-Gewebeproben.
AU  - Berg, D.*
AU  - Bronger, H.*
AU  - Walch, A.K.
AU  - Höfler, H.
AU  - Becker, K.F.*
C1  - 1449
C2  - 27368
SP  - 296-299
TI  - Analyse von Signalwegen in formalinfixierten Brustkrebsgeweben.
JO  - Pathologe
VL  - 31
IS  - SUPPL. 2
PB  - Springer
PY  - 2010
SN  - 0172-8113
ER  - 

TY  - JOUR
AB  - Nach der Entschlüsselung des Humangenoms besteht die Herausforderung, gezielte Kenntnisse über die genauen Genfunktionen und das Zusammenspiel dieser Gene und Signalwege bei der Entstehung von Krankheiten zu erlangen. Mausmodelle stellen hierfür das Mittel der Wahl dar. Die chemischen Mutagenese mittels N-ethyl-N-nitrosourea (ENU) ermöglicht durch die Erzeugung zufälliger Punktmutationen eine differenzierte Analyse der Auswirkungen eines einzigen Basenaustausches auf den gesamten Organismus. Das Münchner ENU-Mausmutagenese-Projekt hat sich der weltweiten Initiative angeschlossen, Einblicke in die Bedeutung einzelner Genabschnitte zu erhalten. Im Rahmen eines genomweiten systematischen Hochdurchsatz-Screenings wurden Mausmodelle für eine Vielzahl menschlicher Erbkrankheiten entwickelt. Diese Arbeit verdeutlicht, wie die Implementierung des ENU-Mausmutagenese-Projekts und der Genidentifikation im parallelen Hochdurchsatz-Screening, unter der Möglichkeit der engen örtlichen Zusammenarbeit mit erfahrenen Phänotypisierungsgruppen am Helmholtz Zentrum München, zu wesentlichen Fortschritten in der funktionellen Analyse des Säugetiergenoms führen kann.
AU  - Wagner, S.
AU  - Calzada-Wack, J.
AU  - Rosemann, M.
AU  - Becker, L.
AU  - Tost, M.
AU  - Silva-Buttkus, P.
AU  - Klein-Rodewald, T.
AU  - Fuchs, H.
AU  - Neff, F.
AU  - Hrabě de Angelis, M.
AU  - Esposito, I.
C1  - 5848
C2  - 27140
SP  - 147-152
TI  - Charakterisierung von ENU-Mausmutanten. Tiermodelle für menschliche Erkrankungen mittels morphologischer und molekularer Methoden.
JO  - Pathologe
VL  - 31
PB  - Springer
PY  - 2010
SN  - 0172-8113
ER  - 

TY  - JOUR
AB  - Die bildgebende Massenspektrometrie ("MALDI Imaging") ist eine neuartige Methode der funktionellen mikroskopischen Bildgebung, welche die Anwendbarkeit der MALDI-TOF- ("matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight"-) Massenspektrometrie nun auch bei der Analyse von Gewebeschnitten ermöglicht. Die Methode erlaubt es, Proteine und Peptide, aber auch Wirkstoffe und deren Metabolite in Gewebeschnitten über ihre Massensignale zu lokalisieren. Dazu wird eine Gewebeprobe im Massenspektrometer gescannt und für jeden Messpunkt ein Massenspektrum erzeugt. Die Intensität spezifischer Signale wird von einer Software in Farbsignale umgesetzt. Mithilfe dieser Farbsignale lassen sich Muster erkennen, welche die Verteilung etwa von Proteinen und Peptiden im Gewebe darstellen. Für die praktische Anwendung zeichnen sich derzeit 3 Bereiche ab, die die molekulare Histologie, die Suche nach neuen krankheitsspezifischen Biomarkern sowie die Detektion von Pharmaka und Metaboliten in Geweben umfassen.
AU  - Rauser, S.
AU  - Höfler, H.
AU  - Walch, A.K.
C1  - 1393
C2  - 26742
SP  - 140-145
TI  - In-situ-Proteomanalyse von Geweben: Mittels bildgebender Massenspektrometrie (MALDI Imaging)
JO  - Pathologe
VL  - 30
IS  - SUPPL. 2
PY  - 2009
SN  - 0172-8113
ER  -