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Multiancestry genome-wide association study of lipid levels incorporating gene-alcohol interactions.

Am. J. Epidemiol. 188, 1033-1054 (2019)
Verlagsversion Postprint Forschungsdaten DOI PMC
Open Access Green
A person's lipid profile is influenced by genetic variants and alcohol consumption, but the contribution of interactions between these exposures has not been studied. We therefore incorporated gene-alcohol interactions into a multiancestry genome-wide association study of levels of high-density lipoprotein cholesterol, low-density lipoprotein cholesterol, and triglycerides. We included 45 studies in stage 1 (genome-wide discovery) and 66 studies in stage 2 (focused follow-up), for a total of 394,584 individuals from 5 ancestry groups. Analyses covered the period July 2014-November 2017. Genetic main effects and interaction effects were jointly assessed by means of a 2-degrees-of-freedom (df) test, and a 1-df test was used to assess the interaction effects alone. Variants at 495 loci were at least suggestively associated (P < 1 x 10(-6)) with lipid levels in stage 1 and were evaluated in stage 2, followed by combined analyses of stage 1 and stage 2. In the combined analysis of stages 1 and 2, a total of 147 independent loci were associated with lipid levels at P < 5 x 10(-8) using 2-df tests, of which 18 were novel. No genome-wide-significant associations were found testing the interaction effect alone. The novel loci included several genes (proprotein convertase subtilisin/kexin type 5 (PCSK5), vascular endothelial growth factor B (VEGFB), and apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide 1 (APOBEC1) complementation factor (A1CF)) that have a putative role in lipid metabolism on the basis of existing evidence from cellular and experimental models.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Alcohol Consumption ; Cholesterol ; Gene-environment Interactions ; Gene-lifestyle Interactions ; Genome-wide Association Studies ; Lipids ; Triglycerides; Density-lipoprotein Cholesterol; Coronary-heart-disease; Hdl Cholesterol; Low-frequency; Blood-lipids; Vegf-b; Metaanalysis; Plasma; Consumption; Individuals
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2019
HGF-Berichtsjahr 2019
ISSN (print) / ISBN 0002-9262
e-ISSN 1476-6256
Zeitschrift American Journal of Epidemiology
Quellenangaben Band: 188, Heft: 6, Seiten: 1033-1054 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Oxford University Press
Verlagsort Journals Dept, 2001 Evans Rd, Cary, Nc 27513 Usa
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Epidemiology (EPI)
Institute of Human Genetics (IHG)
Institute of Genetic Epidemiology (IGE)
POF Topic(s) 30202 - Environmental Health
30501 - Systemic Analysis of Genetic and Environmental Factors that Impact Health
Forschungsfeld(er) Genetics and Epidemiology
PSP-Element(e) G-504091-001
G-504091-004
G-500700-001
G-504000-010
G-504100-001
DOI 10.1093/aje/kwz005
WOS ID WOS:000473760200007
Scopus ID 85067087923
PubMed ID 30698716
Erfassungsdatum 2019-05-15
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