PuSH - Publikationsserver des Helmholtz Zentrums München

Baxter, J.S.* ; Johnson, N.* ; Tomczyk, K.* ; Gillespie, A.* ; Maguire, S.* ; Brough, R.* ; Fachal, L.* ; Michailidou, K.* ; Bolla, M.K.* ; Wang, Q.* ; Dennis, J.* ; Ahearn, T.U.* ; Andrulis, I.L.* ; Anton-Culver, H.* ; Antonenkova, N.N.* ; Arndt, V.* ; Aronson, K.J.* ; Augustinsson, A.* ; Becher, H.* ; Beckmann, M.W.* ; Behrens, S.* ; Benítez, J.* ; Bermisheva, M.* ; Bogdanova, N.V.* ; Bojesen, S.E.* ; Brenner, H.* ; Brucker, S.Y.* ; Cai, Q.* ; Campa, D.* ; Canzian, F.* ; Castelao, J.E.* ; Chan, T.L.* ; Chang-Claude, J.* ; Chanock, S.J.* ; Chenevix-Trench, G.* ; Choi, J.Y.* ; Clarke, C.L.* ; Colonna, S.* ; Conroy, D.M.* ; Couch, F.J.* ; Cox, A.* ; Cross, S.S.* ; Czene, K.* ; Daly, M.B.* ; Devilee, P.* ; Dörk, T.* ; Dossus, L.* ; Dwek, M.* ; Eccles, D.M.* ; Ekici, A.B.* ; Eliassen, A.H.* ; Engel, C.* ; Fasching, P.A.* ; Figueroa, J.* ; Flyger, H.* ; Gago-Dominguez, M.* ; Gao, C.* ; Garcia-Closas, M.* ; García-Sáenz, J.A.* ; Ghoussaini, M.* ; Giles, G.G.* ; Goldberg, M.S.* ; González-Neira, A.* ; Guénel, P.* ; Gündert, M. ; Haeberle, L.* ; Hahnen, E.* ; Haiman, C.A.* ; Hall, P.* ; Hamann, U.* ; Hartman, M.* ; Hatse, S.* ; Hauke, J.* ; Hollestelle, A.* ; Hoppe, R.* ; Hopper, J.L.* ; Hou, M.F.* ; Ito, H.* ; Iwasaki, M.* ; Jäger, A.* ; Jakubowska, A.* ; Janni, W.* ; John, E.M.* ; Joseph, V.* ; Jung, A.* ; Kaaks, R.* ; Kang, D.* ; Keeman, R.* ; Khusnutdinova, E.* ; Kim, S.W.* ; Kosma, V.M.* ; Kraft, P.* ; Kristensen, V.N.* ; Kubelka-Sabit, K.* ; Kurian, A.W.* ; Kwong, A.* ; Lacey, J.V.* ; Lambrechts, D.* ; Larson, N.L.* ; Larsson, S.C.* ; Le Marchand, L.* ; Lejbkowicz, F.* ; Li, J.* ; Long, J.* ; Lophatananon, A.* ; Lubinski, J.* ; Mannermaa, A.* ; Manoochehri, M.* ; Manoukian, S.* ; Margolin, S.* ; Matsuo, K.* ; Mavroudis, D.* ; Mayes, R.* ; Menon, U.* ; Milne, R.L.* ; Mohd Taib, N.A.* ; Muir, K.* ; Muranen, T.A.* ; Murphy, R.A.* ; Nevanlinna, H.* ; O'Brien, K.M.* ; Offit, K.* ; Olson, J.E.* ; Olsson, H.* ; Park, S.K.* ; Park-Simon, T.W.* ; Patel, A.V.* ; Peterlongo, P.* ; Peto, J.* ; Plaseska-Karanfilska, D.* ; Presneau, N.* ; Pylkäs, K.* ; Rack, B.* ; Rennert, G.* ; Romero, A.* ; Ruebner, M.* ; Rudiger, T.* ; Saloustros, E.* ; Sandler, D.P.* ; Sawyer, E.J.* ; Schmidt, M.K.* ; Schmutzler, R.K.* ; Schneeweiss, A.* ; Schoemaker, M.J.* ; Shah, M.* ; Shen, C.Y.* ; Shu, X.O.* ; Simard, J.* ; Southey, M.C.* ; Stone, J.* ; Surowy, H.M.* ; Swerdlow, A.J.* ; Tamimi, R.M.* ; Tapper, W.J.* ; Taylor, J.A.* ; Teo, S.H.* ; Teras, L.R.* ; Terry, M.B.* ; Toland, A.E.* ; Tomlinson, I.* ; Truong, T.* ; Tseng, C.C.* ; Untch, M.* ; Vachon, C.M.* ; van den Ouweland, A.M.W.* ; Wang, S.S.* ; Weinberg, C.R.* ; Wendt, C.* ; Winham, S.J.* ; Winqvist, R.* ; Wolk, A.* ; Wu, A.H.* ; Yamaji, T.* ; Zheng, W.* ; Ziogas, A.* ; Pharoah, P.D.P.* ; Dunning, A.M.* ; Easton, D.F.* ; Pettitt, S.J.* ; Lord, C.J.* ; Haider, S.* ; Orr, N.* ; Fletcher, O.*

Functional annotation of the 2q35 breast cancer risk locus implicates a structural variant in influencing activity of a long-range enhancer element.

Am. J. Hum. Genet. 108, 1190-1203 (2021)
Verlagsversion DOI PMC
Open Access Gold (Paid Option)
Creative Commons Lizenzvertrag
A combination of genetic and functional approaches has identified three independent breast cancer risk loci at 2q35. A recent fine-scale mapping analysis to refine these associations resulted in 1 (signal 1), 5 (signal 2), and 42 (signal 3) credible causal variants at these loci. We used publicly available in silico DNase I and ChIP-seq data with in vitro reporter gene and CRISPR assays to annotate signals 2 and 3. We identified putative regulatory elements that enhanced cell-type-specific transcription from the IGFBP5 promoter at both signals (30- to 40-fold increased expression by the putative regulatory element at signal 2, 2- to 3-fold by the putative regulatory element at signal 3). We further identified one of the five credible causal variants at signal 2, a 1.4 kb deletion (esv3594306), as the likely causal variant; the deletion allele of this variant was associated with an average additional increase in IGFBP5 expression of 1.3-fold (MCF-7) and 2.2-fold (T-47D). We propose a model in which the deletion allele of esv3594306 juxtaposes two transcription factor binding regions (annotated by estrogen receptor alpha ChIP-seq peaks) to generate a single extended regulatory element. This regulatory element increases cell-type-specific expression of the tumor suppressor gene IGFBP5 and, thereby, reduces risk of estrogen receptor-positive breast cancer (odds ratio = 0.77, 95% CI 0.74-0.81, p = 3.1 × 10-31).
Altmetric
Weitere Metriken?
[➜Einloggen]
Zusatzinfos bearbeiten [➜Einloggen]
Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Korrespondenzautor
Schlagwörter Breast Cancer Risk ; Functional Annotation ; Risk Locus; Susceptibility Loci; Wide Association; Identification; Transcription; 11q13; Rnas
ISSN (print) / ISBN 0002-9297
e-ISSN 1537-6605
Zeitschrift American Journal of Human Genetics, The
Quellenangaben Band: 108, Heft: 7, Seiten: 1190-1203 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Elsevier
Verlagsort New York, NY
Nichtpatentliteratur Publikationen
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Diabetes Research Type 1 (IDF)
Förderungen Pfizer
Novartis
Amgen