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Ein neuartiges Konzept zur genomweiten Kartierung von ENU-induzierten Mausmutanten im Hochdurchsatz.
München, Technische Universität München, Wissenschaftszentrum Weihenstephan, Diss., 2007, 147 S.
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Ziel der Arbeit war die Erstellung einer genomweiten SNP-Genotypisierungsplattform für die Kartierung von ENU-induzierten Mausmutanten. Im Zuge dessen wurde eine Reihe von bioinformatischen Werkzeugen für die Erstellung eines geeigneten Markersatzes und für die Auswertung der gewonnenen Genotypdaten entwickelt. Mit Hilfe dieser Plattform war es möglich, eine genomweite Kartierung von 55 mutanten Mauslinien durchzuführen. Der durchschnittliche Abstand des von der ENU Mutagenese betroffenen Gens zu dem am stärksten gekoppelten SNP-Marker betrug hierbei ca. 5,9 Mb. Eine der auf diese Weise untersuchten mutanten Mauslinien war die Linie SMA004. Es wurde eine Kopplung auf Chromosom 4 festgestellt und eine Mutation in dem Gen Zmpste24 gefunden. Der progeroide Phänotyp dieser Mauslinie wurde weiterführend untersucht. In dieser Arbeit wird eine neuartige Plattform präsentiert, mit deren Hilfe es möglich ist, in kurzer Zeit Kreuzungen verschiedener Mausstämme zu genotypisieren und auszuwerten.
Aim of this work was the establishment of a genome wide SNP genotyping platform for the mapping of ENU-induced mouse mutants. During this course a set of bioinformatic tools for the establishment of a suitable marker set and for the analysis of the obtained genotype data has been developed. By means of this platform it was possible to perform a genome wide mapping of 55 mutant mouse lines. The average distance between the gene alted by ENU mutagenesis and the most strongly linked SNP-marker was thereby approximately 5,9 Mb. One of the mouse lines assayed in this manner was the line SMA004. A linkage on chromosome 4 was observed and a mutation in the gene Zmpste24 has been found. The progeroid phenotype of this mouse line was further studied. In this thesis a novel platform is presented by means of which it is possible to genotype and analyze crosses of different mouse strains within a short time.
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Publikationstyp
Sonstiges: Hochschulschrift
Typ der Hochschulschrift
Dissertationsschrift
Schlagwörter
ENU, Mutagenese, SNP, Kopplungsanalyse, Zmpste24, Progerie, Hochdurchsatz
Quellenangaben
Seiten: 147 S.
Hochschule
Technische Universität München
Hochschulort
München
Fakultät
Wissenschaftszentrum Weihenstephan
Nichtpatentliteratur
Publikationen
Institut(e)
Institute of Experimental Genetics (IEG)