PuSH - Publikationsserver des Helmholtz Zentrums München

Export: TXT Text RIS Endnote (RIS) BIB BibTeX
Haghverdi, L. ; Büttner, M. ; Wolf, F.A. ; Buettner, F. ; Theis, F.J.

Diffusion pseudotime robustly reconstructs lineage branching.

Nat. Methods 13, 845-848 (2016)
Postprint DOI PMC
Open Access Green
The temporal order of differentiating cells is intrinsically encoded in their single-cell expression profiles. We describe an efficient way to robustly estimate this order according to diffusion pseudotime (DPT), which measures transitions between cells using diffusion-like random walks. Our DPT software implementations make it possible to reconstruct the developmental progression of cells and identify transient or metastable states, branching decisions and differentiation endpoints.
Impact Factor
Scopus SNIP
Web of Science
Times Cited
Scopus
Cited By
Altmetric
25.328
6.091
392
491
Tags
Icb_ML
Anmerkungen
Besondere Publikation
Auf Hompepage verbergern

Zusatzinfos bearbeiten
Eigene Tags bearbeiten
Privat
Eigene Anmerkung bearbeiten
Privat
Auf Publikationslisten für
Homepage nicht anzeigen
Als besondere Publikation
markieren
Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Rna-sequencing Data; Single-cell Data; Expression; Heterogeneity; Trajectories; Progression; Commitment; Embryo; Maps; Stem
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2016
HGF-Berichtsjahr 2016
ISSN (print) / ISBN 1548-7091
e-ISSN 1548-7105
Zeitschrift Nature Methods
Quellenangaben Band: 13, Heft: 10, Seiten: 845-848 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Nature Publishing Group
Verlagsort New York, NY
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Computational Biology (ICB)
POF Topic(s) 30205 - Bioengineering and Digital Health
Forschungsfeld(er) Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e) G-503800-001
DOI 10.1038/nmeth.3971
WOS ID WOS:000385194600020
Scopus ID 84984643819
PubMed ID 27571553
Erfassungsdatum 2016-08-30
[➜Korrektur melden]