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Whole-genome resequencing of the wild barley diversity collection: A resource for identifying and exploiting genetic variation for cultivated barley improvement.

Genes Genomes Genetics G3, DOI: 10.1093/g3journal/jkaf261:jkaf261 (2025)
Postprint Forschungsdaten DOI PMC
Open Access Gold möglich sobald Verlagsversion bei der ZB eingereicht worden ist.
To exploit allelic variation in Hordeum vulgare subsp. spontaneum, the Wild Barley Diversity Collection was subjected to paired-end Illumina sequencing at ∼9X depth and evaluated for several agronomic traits. We discovered 240.2 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) after alignment to the Morex V3 assembly and 24.4 million short (1-50 bp) insertions and deletions. A genome-wide association study of lemma color identified one marker-trait association (MTA) on chromosome 1H close to HvBlp, the cloned gene controlling black lemma. Four MTAs were identified for seedling stem rust resistance, including two novel loci on chromosomes 1H and 6H and one co-locating to the complex RMRL1-RMRL2 locus on 5H. The whole-genome sequence data described herein will facilitate the identification and utilization of new alleles for barley improvement.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Hordeum Vulgare Subsp. Spontaneum ; Agronomic Traits ; Genome-wide Association Study ; Whole Genome Sequence Data
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2025
HGF-Berichtsjahr 2025
ISSN (print) / ISBN 2160-1836
e-ISSN 2160-1836
Zeitschrift Genes Genomes Genetics G3
Quellenangaben Band: , Heft: , Seiten: , Artikelnummer: jkaf261 Supplement: ,
Verlag Genetics Society of America
Verlagsort Pittsburgh, PA
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Research Unit Plant Genome and Systems Biology (PGSB)
POF Topic(s) 30202 - Environmental Health
Forschungsfeld(er) Environmental Sciences
PSP-Element(e) G-503500-002
DOI 10.1093/g3journal/jkaf261
PubMed ID 41206694
Erfassungsdatum 2025-11-11
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