Gewebeproben werden seit Jahrzehnten weltweit routinemäßig zur histopathologischen Charakterisierung verwendet, um erkranktes von gesundem Gewebe zu unterscheiden. Während Nukleinsäure-basierte Analysen formalinfixierter und paraffineingebetteter (FFPE-) Gewebeproben schon länger erfolgreich angewendet werden, stehen Untersuchungen auf Proteinebene erst am Anfang (abgesehen von der Immunhistochemie). Es zeichnet sich jedoch ab, dass viele Proteinuntersuchungsmethoden, die an frischen oder gefrorenen Gewebeproben eingesetzt werden, auch an FFPE-Proben angewendet werden können. Hierzu gehören z. B. Western-blot, Protein-Mikroarray, bildgebende Massenspektrometrie (MALDI Imaging) und 2-D-Gelelektrophorese. Diese Ergebnisse sind überraschend, da die Wissenschaftsgemeinde lange der Überzeugung war, dass FFPE-Proben für Proteinanalysen - außer Immunhistochemie - nicht geeignet sind. In diesem Übersichtsbeitrag berichten wir über neueste Entwicklungen auf diesem Gebiet und gehen dabei besonders auf quantitative Proteinbestimmungen und Hochdurchsatztechniken ein, die in Zukunft in den Routineablauf zur Proteinbiomarkerbestimmung integriert werden können.