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Cell specific eQTL analysis without sorting cells.

PLoS Genet. 11:e1005223 (2015)
Verlagsversion DOI PMC
Open Access Gold
Creative Commons Lizenzvertrag
The functional consequences of trait associated SNPs are often investigated using expression quantitative trait locus (eQTL) mapping. While trait-associated variants may operate in a cell-type specific manner, eQTL datasets for such cell-types may not always be available. We performed a genome-environment interaction (GxE) meta-analysis on data from 5,683 samples to infer the cell type specificity of whole blood cis-eQTLs. We demonstrate that this method is able to predict neutrophil and lymphocyte specific cis-eQTLs and replicate these predictions in independent cell-type specific datasets. Finally, we show that SNPs associated with Crohn's disease preferentially affect gene expression within neutrophils, including the archetypal NOD2 locus.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Active Crohns-disease; Gene-expression; Wide Association; Dna Methylation; Variants; Heterogeneity; Blood
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2015
HGF-Berichtsjahr 2015
ISSN (print) / ISBN 1553-7390
e-ISSN 1553-7404
Zeitschrift PLoS Genetics
Quellenangaben Band: 11, Heft: 5, Seiten: , Artikelnummer: e1005223 Supplement: ,
Verlag Public Library of Science (PLoS)
Verlagsort San Francisco
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Human Genetics (IHG)
Institute of Epidemiology (EPI)
Institute of Genetic Epidemiology (IGE)
POF Topic(s) 90000 - German Center for Diabetes Research
30501 - Systemic Analysis of Genetic and Environmental Factors that Impact Health
30202 - Environmental Health
Forschungsfeld(er) Genetics and Epidemiology
PSP-Element(e) G-501900-071
G-500700-001
G-504091-002
G-504100-001
PubMed ID 25955312
DOI 10.1371/journal.pgen.1005223
WOS ID WOS:000355305200036
Scopus ID 84930817087
Erfassungsdatum 2015-05-10
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