PuSH - Publikationsserver des Helmholtz Zentrums München

Krumsiek, J. ; Arnold, R. ; Rattei, T.*

Gepard: A rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale.

Bioinformatics 23, 1026-1028 (2007)
Verlagsversion Volltext DOI PMC
Open Access Gold
Gepard provides a user-friendly, interactive application for the quick creation of dotplots. It utilizes suffix arrays to reduce the time complexity of dotplot calculation to {Theta}(m*log n). A client–server mode, which is a novel feature for dotplot creation software, allows the user to calculate dotplots and color them by functional annotation without any prior downloading of sequence or annotation data.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter AMINO ACID; SEQUENCES; PROTEINS
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2007
HGF-Berichtsjahr 2007
e-ISSN 1367-4811
Zeitschrift Bioinformatics
Quellenangaben Band: 23, Heft: 8, Seiten: 1026-1028 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Oxford University Press
Verlagsort Oxford
Begutachtungsstatus Peer reviewed
POF Topic(s) 30505 - New Technologies for Biomedical Discoveries
Forschungsfeld(er) Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e) G-503700-001
PubMed ID 17309896
Scopus ID 34249734822
Erfassungsdatum 2007-09-21