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A massively parallel barcoded sequencing pipeline enables generation of the first ORFeome and interactome map for rice.

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 117, 11836-11842 (2020)
Verlagsversion DOI PMC
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Systematic mappings of protein interactome networks have provided invaluable functional information for numerous model organisms. Here we develop PCR-mediated Linkage of barcoded Adapters To nucleic acid Elements for sequencing (PLATE-seq) that serves as a general tool to rapidly sequence thousands of DNA elements. We validate its utility by generating the ORFeome for Oryza sativa covering 2,300 genes and constructing a high-quality protein-protein interactome map consisting of 322 interactions between 289 proteins, expanding the known interactions in rice by roughly 50%. Our work paves the way for high-throughput profiling of protein-protein interactions in a wide range of organisms.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Protein-protein Interaction ; Rice ; Orfeome ; Next-generation Sequencing ; Networks; Network Evolution; Stress-response; Version 1.1; Proteome; Database; Annotation; Platform; Cloning; Proteasome; Proteins
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2020
HGF-Berichtsjahr 2020
ISSN (print) / ISBN 0027-8424
e-ISSN 1091-6490
Zeitschrift Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Quellenangaben Band: 117, Heft: 21, Seiten: 11836-11842 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag National Academy of Sciences
Verlagsort 2101 Constitution Ave Nw, Washington, Dc 20418 Usa
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Network Biology (INET)
POF Topic(s) 30203 - Molecular Targets and Therapies
Forschungsfeld(er) Environmental Sciences
PSP-Element(e) G-506400-001
DOI 10.1073/pnas.1918068117
WOS ID WOS:000536797100081
Scopus ID 85085497828
PubMed ID 32398372
Erfassungsdatum 2020-05-18
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