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Bergen, V. ; Soldatov, R.A.* ; Kharchenko, P.V.* ; Theis, F.J.

RNA velocity-current challenges and future perspectives.

Mol. Syst. Biol. 17:e10282 (2021)
Verlagsversion DOI PMC
Open Access Gold
Creative Commons Lizenzvertrag
RNA velocity has enabled the recovery of directed dynamic information from single-cell transcriptomics by connecting measurements to the underlying kinetics of gene expression. This approach has opened up new ways of studying cellular dynamics. Here, we review the current state of RNA velocity modeling approaches, discuss various examples illustrating limitations and potential pitfalls, and provide guidance on how the ensuing challenges may be addressed. We then outline future directions on how to generalize the concept of RNA velocity to a wider variety of biological systems and modalities.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Review
Schlagwörter Rna Velocity ; Challenges ; Dynamics ; Limitations ; Perspectives; Single-cell; Gene-expression
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2021
HGF-Berichtsjahr 2021
ISSN (print) / ISBN 1744-4292
e-ISSN 1744-4292
Zeitschrift Molecular Systems Biology
Quellenangaben Band: 17, Heft: 8, Seiten: , Artikelnummer: e10282 Supplement: ,
Verlag EMBO Press
Verlagsort 111 River St, Hoboken 07030-5774, Nj Usa
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Computational Biology (ICB)
POF Topic(s) 30205 - Bioengineering and Digital Health
Forschungsfeld(er) Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e) G-503800-001
Förderungen EC | H2020 | H2020 Priority Excellent Science | H2020 European Research Council (ERC)
National Science Foundation (NSF)
Helmholtz Association ()
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
DOI 10.15252/msb.202110282
WOS ID WOS:000690888400002
Scopus ID 85113776579
PubMed ID 34435732
Erfassungsdatum 2021-10-04
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