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A protocol for CRISPR-mediated activation and repression of human endogenous retroviruses in human pluripotent stem cells.

STAR Protoc. 3:101281 (2022)
Verlagsversion DOI PMC
Open Access Gold
Creative Commons Lizenzvertrag
Human endogenous retroviruses (HERVs) comprise many regulatory elements and can regulate host gene activity at different expression levels via multiple mechanisms. Here, we introduce a step-by-step protocol to activate or repress transcription of HERV-K(HML-2) elements using the CRISPRa and CRISPRi technologies in human embryonic stem cells. This protocol can help deciphering the functional role of HERV-K(HML-2) elements in critical biological processes. The protocol may easily be adapted to other cell lines and HERV groups with relatively low sequence heterogeneity. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Padmanabhan Nair et al. (2021).
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Crispr ; Developmental Biology
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2022
HGF-Berichtsjahr 2022
e-ISSN 2666-1667
Zeitschrift STAR Protocols
Quellenangaben Band: 3, Heft: 2, Seiten: , Artikelnummer: 101281 Supplement: ,
Begutachtungsstatus Peer reviewed
POF Topic(s) 30203 - Molecular Targets and Therapies
Forschungsfeld(er) Immune Response and Infection
PSP-Element(e) G-502700-009
Förderungen Deutsche Forschungsgemeinschaft
Medical Faculty of University of Saarland
Scopus ID 85127937314
PubMed ID 35463468
Erfassungsdatum 2022-07-26