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Fischer, D.S. ; Schaar, A. ; Theis, F.J.

Modeling intercellular communication in tissues using spatial graphs of cells.

Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-022-01467-z (2022)
Verlagsversion Forschungsdaten DOI PMC
Open Access Hybrid
Creative Commons Lizenzvertrag
Models of intercellular communication in tissues are based on molecular profiles of dissociated cells, are limited to receptor–ligand signaling and ignore spatial proximity in situ. We present node-centric expression modeling, a method based on graph neural networks that estimates the effects of niche composition on gene expression in an unbiased manner from spatial molecular profiling data. We recover signatures of molecular processes known to underlie cell communication.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2022
HGF-Berichtsjahr 2022
ISSN (print) / ISBN 1087-0156
e-ISSN 1546-1696
Zeitschrift Nature Biotechnology
Verlag Nature Publishing Group
Verlagsort New York, NY
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Computational Biology (ICB)
POF Topic(s) 30205 - Bioengineering and Digital Health
Forschungsfeld(er) Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e) G-503800-001
Förderungen Helmholtz Zentrum München - Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH)
DOI 10.1038/s41587-022-01467-z
WOS ID WOS:000876056800004
Scopus ID 85140896938
PubMed ID 36302986
Erfassungsdatum 2022-11-25
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