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R spider: A network-based analysis of gene lists by combining signaling and metabolic pathways from Reactome and KEGG databases.
Nucleic Acids Res. 38, 2, W78-W83 (2010)
R spider is a web-based tool for the analysis of a gene list using the systematic knowledge of core pathways and reactions in human biology accumulated in the Reactome and KEGG databases. R spider implements a network-based statistical framework, which provides a global understanding of gene relations in the supplied gene list, and fully exploits the Reactome and KEGG knowledge bases. R spider provides a user-friendly dialog-driven web interface for several model organisms and supports most available gene identifiers. R spider is freely available at http://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/rspider.
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Publikationstyp
Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp
Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter
High-throughput data; Expression data; onto-tolls; Knowledgebase; Proteomics; Genomes
Sprache
englisch
Veröffentlichungsjahr
2010
HGF-Berichtsjahr
2010
ISSN (print) / ISBN
0305-1048
e-ISSN
1362-4962
Zeitschrift
Nucleic Acids Research
Quellenangaben
Band: 38,
Heft: SUPPL. 2,
Seiten: W78-W83,
Supplement: 2
Verlag
Oxford University Press
Begutachtungsstatus
Peer reviewed
POF Topic(s)
30505 - New Technologies for Biomedical Discoveries
Forschungsfeld(er)
Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e)
G-503700-001
PubMed ID
20519200
Scopus ID
77954275721
Erfassungsdatum
2010-12-31