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Rare coding variants in 35 genes associate with circulating lipid levels-A multi-ancestry analysis of 170,000 exomes.

Am. J. Hum. Genet. 109, 81-96 (2022)
Postprint Forschungsdaten DOI PMC
Open Access Green
Large-scale gene sequencing studies for complex traits have the potential to identify causal genes with therapeutic implications. We performed gene-based association testing of blood lipid levels with rare (minor allele frequency < 1%) predicted damaging coding variation by using sequence data from >170,000 individuals from multiple ancestries: 97,493 European, 30,025 South Asian, 16,507 African, 16,440 Hispanic/Latino, 10,420 East Asian, and 1,182 Samoan. We identified 35 genes associated with circulating lipid levels; some of these genes have not been previously associated with lipid levels when using rare coding variation from population-based samples. We prioritize 32 genes in array-based genome-wide association study (GWAS) loci based on aggregations of rare coding variants; three (EVI5, SH2B3, and PLIN1) had no prior association of rare coding variants with lipid levels. Most of our associated genes showed evidence of association among multiple ancestries. Finally, we observed an enrichment of gene-based associations for low-density lipoprotein cholesterol drug target genes and for genes closest to GWAS index single-nucleotide polymorphisms (SNPs). Our results demonstrate that gene-based associations can be beneficial for drug target development and provide evidence that the gene closest to the array-based GWAS index SNP is often the functional gene for blood lipid levels.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Association ; Cholesterol ; Exome Sequencing ; Gene-based Association ; Lipid; Sinusoidal Endothelial-cells; Of-function Mutations; Sequence Variants; Risk; Apoc3; Identification; Triglycerides; Perilipin; Angptl3; Binding
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2022
Prepublished im Jahr 2021
HGF-Berichtsjahr 2021
ISSN (print) / ISBN 0002-9297
e-ISSN 1537-6605
Zeitschrift American Journal of Human Genetics, The
Quellenangaben Band: 109, Heft: 1, Seiten: 81-96 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Elsevier
Verlagsort New York, NY
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Epidemiology (EPI)
POF Topic(s) 30202 - Environmental Health
Forschungsfeld(er) Genetics and Epidemiology
PSP-Element(e) G-504091-004
Förderungen National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI)
Swedish Research Council
DOI 10.1016/j.ajhg.2021.11.021
WOS ID WOS:000748493200007
Scopus ID 85122004213
PubMed ID 34932938
Erfassungsdatum 2022-02-08
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