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Kamal, N. ; Lux, T. ; Jayakodi, M.* ; Haberer, G. ; Gundlach, H. ; Mayer, K.F.X. ; Mascher, M.* ; Spannagl, M.

The barley and wheat pan-genomes.

Methods Mol. Biol. 2443, 147-159 (2022)
DOI PMC
Open Access Green möglich sobald Postprint bei der ZB eingereicht worden ist.
To unlock the genetic potential in crops, multi-genome comparisons are an essential tool. Decreasing costs and improved sequencing technologies have democratized plant genome sequencing and led to a vast increase in the amount of available reference sequences on the one hand and enabled the assembly of even the largest and most complex and repetitive crops genomes such as wheat and barley. These developments have led to the era of pan-genomics in recent years. Pan-genome projects enable the definition of the core and dispensable genome for various crop species as well as the analysis of structural and functional variation and hence offer unprecedented opportunities for exploring and utilizing the genetic basis of natural variation in crops. Comparing, analyzing, and visualizing these multiple reference genomes and their diversity requires powerful and specialized computational strategies and tools.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Schlagwörter Annotation ; Assembly ; Cereals ; Crops ; Genes ; Pav ; Pan-genome ; Polyploidy ; Reference Genome ; Repeats ; Sequencing
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2022
HGF-Berichtsjahr 2022
ISSN (print) / ISBN 1064-3745
e-ISSN 1940-6029
Bandtitel Plant Bioinformatics
Zeitschrift Methods in Molecular Biology
Quellenangaben Band: 2443, Heft: , Seiten: 147-159 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Springer
Verlagsort Berlin [u.a.]
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Research Unit Plant Genome and Systems Biology (PGSB)
POF Topic(s) 30202 - Environmental Health
Forschungsfeld(er) Environmental Sciences
PSP-Element(e) G-503500-002
DOI 10.1007/978-1-0716-2067-0_7
Scopus ID 85123385821
PubMed ID 35037204
Erfassungsdatum 2022-06-07
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