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BioSimulators: A central registry of simulation engines and services for recommending specific tools.

Nucleic Acids Res. 50, W108-W114 (2022)
Verlagsversion Forschungsdaten DOI PMC
Open Access Gold
Creative Commons Lizenzvertrag
Computational models have great potential to accelerate bioscience, bioengineering, and medicine. However, it remains challenging to reproduce and reuse simulations, in part, because the numerous formats and methods for simulating various subsystems and scales remain siloed by different software tools. For example, each tool must be executed through a distinct interface. To help investigators find and use simulation tools, we developed BioSimulators (https://biosimulators.org), a central registry of the capabilities of simulation tools and consistent Python, command-line and containerized interfaces to each version of each tool. The foundation of BioSimulators is standards, such as CellML, SBML, SED-ML and the COMBINE archive format, and validation tools for simulation projects and simulation tools that ensure these standards are used consistently. To help modelers find tools for particular projects, we have also used the registry to develop recommendation services. We anticipate that BioSimulators will help modelers exchange, reproduce, and combine simulations.
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Publikationstyp Artikel: Journalartikel
Dokumenttyp Wissenschaftlicher Artikel
Sprache englisch
Veröffentlichungsjahr 2022
HGF-Berichtsjahr 2022
ISSN (print) / ISBN 0305-1048
e-ISSN 1362-4962
Zeitschrift Nucleic Acids Research
Quellenangaben Band: 50, Heft: W1, Seiten: W108-W114 Artikelnummer: , Supplement: ,
Verlag Oxford University Press
Begutachtungsstatus Peer reviewed
Institut(e) Institute of Computational Biology (ICB)
POF Topic(s) 30205 - Bioengineering and Digital Health
Forschungsfeld(er) Enabling and Novel Technologies
PSP-Element(e) G-553800-001
Förderungen NIBIB
NIH HHS
DOI 10.1093/nar/gkac331
WOS ID WOS:000791760200001
Scopus ID 85134730260
PubMed ID 35524558
Erfassungsdatum 2022-06-10
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